Si un État ne respecte pas la législation de l’Union européenne, il peut se voir infliger une amende ou faire retirer des fonds.
Contrairement à d’autres organisations, le style d’intégration de l’UE est « devenu un système hautement développé d’interférence mutuelle dans les affaires intérieures de l’autre ». Toutefois, en ce qui concerne les questions de défense et de politique étrangère (et, avant le traité de Lisbonne, les questions policières et judiciaires), la souveraineté est moins souvent transférée, les questions étant traitées à l’unanimité et en coopération. Très tôt dans l’histoire de l’UE, la Cour de justice a souligné l’état unique de sa création et de la mise en commun de sa souveraineté.
En créant une Communauté à durée indéterminée, dotée de ses propres institutions, de sa propre personnalité, de sa propre capacité juridique et de sa propre capacité de représentation sur le plan international et, plus particulièrement, de pouvoirs réels découlant d’une limitation de la souveraineté ou d’un transfert de pouvoirs des États vers la Communauté, les États membres ont limité leurs droits souverains et ont ainsi créé un corpus juridique qui lie à la fois leurs ressortissants et eux-mêmes… Le transfert par les États de leur ordre juridique interne vers l’ordre juridique communautaire des droits.
Cependant, comme la souveraineté émane toujours du niveau national, elle peut être retirée par un Etat membre qui souhaite la quitter. Par conséquent, si une loi qui n’est pas au goût d’un État est adoptée, il peut se retirer de l’UE pour l’éviter. Cela ne s’est toutefois pas produit, car les avantages de l’adhésion sont souvent perçus comme l’emportant sur l’impact potentiellement négatif d’une loi spécifique.
La question de savoir si le droit communautaire est supérieur au droit national fait l’objet d’un débat. Les traités ne donnent pas de jugement en la matière, mais les jugements des tribunaux ont établi la supériorité du droit de l’UE sur le droit national et elle est affirmée dans une déclaration jointe au traité de Lisbonne (la Constitution européenne l’aurait pleinement consacrée). Certains systèmes juridiques nationaux acceptent également explicitement l’interprétation de la Cour de justice, comme la France et l’Italie, mais en Pologne, elle ne prévaut pas sur la Constitution nationale, comme c’est le cas en Allemagne.
En raison de la crise de la dette souveraine européenne, certains États de la zone euro ont dû être renfloués par l’UE via le Fonds européen de stabilité financière et le mécanisme européen de stabilité financière (qui sera remplacé par le mécanisme européen de stabilité à partir de 2013). En échange de leur sauvetage, la Grèce a dû accepter un vaste plan d’austérité comprenant des privatisations et une vente des actifs de l’État. Afin de s’assurer que la Grèce se conforme aux demandes de l’UE, une « assistance technique à grande échelle » de la Commission européenne et d’autres États membres a été déployée auprès des ministères du gouvernement grec. Certains, dont le président de l’Eurogroupe Jean-Claude Juncker, affirment que « la souveraineté de la Grèce sera massivement limitée ». La situation des pays ayant bénéficié de la libération sous caution (Grèce, Portugal et Irlande) a été décrite comme étant un quartier ou un protectorat de l’UE, certains pays, comme les Pays-Bas, réclamant une formalisation de la situation.
Un certain nombre d’États sont moins intégrés dans l’UE que les autres. Dans la plupart des cas, c’est parce que ces États ont obtenu une dérogation d’un certain domaine politique. Le plus notable est la possibilité de sortir de l’Union économique et monétaire, l’adoption de l’euro comme monnaie légale unique. La plupart des États en dehors de la zone euro sont obligés d’adopter l’euro lorsqu’ils sont prêts, mais le Danemark et le Royaume-Uni ont obtenu le droit de conserver leurs propres monnaies indépendantes
L’Irlande et le Royaume-Uni ne participent pas non plus à l’accord de Schengen, qui supprime les contrôles aux frontières intérieures de l’UE. Le Danemark dispose d’un droit de sortie pour la politique de sécurité et de défense commune; le Danemark, l’Irlande et le Royaume-Uni disposent d’un droit de sortie pour les questions de police et de justice; la Pologne et le Royaume-Uni disposent d’un droit de sortie pour la Charte des droits fondamentaux.